Поучив в лице «Живого Города» новую молодую кровь, городское градозащитное движение стало активно противодействовать планам строительства небоскреба. Основополагающим аргументом стало то, что комплекс планировали создать на месте шведской крепости Ниеншанц, обнаруженной археологами и признаной еще в 2001 памятником культурного наследия. Так же, строительство такого высотного (более 400 метров) объекта в центре города коренным образом меняло силуэт городских панорам, высотка грубо вторгалась в сложившуюся картину исторического центра. Юридически это было запрещено высотным регламентом Санкт-Петербурга, но в 2004, в момент начала переговоров о строительстве высотного здания для «Газпрома», он был переведен в статус рекомендательного. Активисты инициируют серию исков, проигрывая их в Петербурге, обращаются в Конституционый суд. Одновременно археологическая группа Петра Сорокина, ведущая раскопки на Охтинском мысу, объявляет о том, что обнаружены остатки древнего города Ландскрона и следы еще более ранних поселений. Мыс получает неофициальное название «Русская Троя» из-за многослойности исторических памятников. Это дает новые основания требовать отмены планов строительства небоскреба.

Городское движение в защиту исторических памятников начинает быстро набирать вес, а «Живой Город» становится его лицом и рупором. За которткий период в июле 2007 было собрано более 10 тысяч подписей против строительства «Охта-центра». Общественное мнение города все больше на стороне градозащитников, даже развернутая «Газпромом» и городской администрацией активная агитация на петербургском телевидении не помогает популяризации проекта. Происходит мобилизация экпертного сообщества -  специалисты по истории, краеведению, архитектуре, члены петербургского отделения ВООПИиК, активисты в районах и пригородах города становятся единым движением, которое начинает звучать все громче, а сферой его деятельности становится не только борьба против «Охта-центра», но противодействие агрессивной и нерегулируемой застройке города и разрушению памятников архитектуры. Инструментами публичной работы движения становятся не только пикеты и митинги, но и лекции, выставки. Юлия Минутина, один из координаторов «Живого Города», организует цикл занятий по истории и культуре Петербурга в книжном магазине «Буквоед», проводятся субботники в садах города, организуется конкурс современных архитектурных проектов для центра Петербурга.

Деятельность движения включает не только публичные акции, но и серьезную экспертную работу.  Ярким примером системности работы является сюжет, когда в 2008, в ответ на слова Матвиенко о том, что проблема разрушения исторических зданий сильно преувеличена, на следующий день в Смольный участниками движения был представлен мотивированный список из 95 памятников, утраченных за предыдущие 4 года. Проводится постоянный мониторинг городских строительных проектов, вводится практика историко-культурных экспертиз новых проектов, регулярно ведется борьба с ошибочными градостроительными решениями в судах. Формируется множество локальных - районных и местных организаций, занимающихся защитой отдельных городских памятников, кварталов, районов. Общий градус противостояния все время повышается. При этом, неофициальные лидеры движения, и, в том числе и «Живой Город», всеми доступными способами показывают готовность к диалогу с городскими властями ради установления новых правил сохранения городской среды, которые бы помогали развитию города, но не угрожали его исторической целостности. 

8 сентября 2007 проходит первый «Марш в защиту Петербурга», собравший по разным оценкам от 4 до 8 тысяч участников. Он стал одним из крупнейших градозащитных выступлений в городе за длительное время. Участники требовали изменения градостроительной политики, сохранения исторического облика города в целов и отдельных памятников. В последующие годы такие марши будут проводиться неоднократно. В первых Маршах принимали участие многие знаковые для Петербурга люди - Александр Сокуров, Юрий Шевчук, Сергей Юрский, а так же активные оппозиционные политики регионального и общероссийского уровня.

Общественное давление и кропотливая переговорная и экспертная работа приводят к тому, что в 2008 начинается разработка основополагающего градостроительного документа - Правил землепользования и застройки. Эта работа будет закончена в 2009. А в конце того же 2008 Законодательное собрание Петербурга принимает региональный закон «О границах объединенных зон охраны объектов культурного наследия, расположенных на территории Санкт-Петербурга..» который становится документом, определяющим правила строительства в центре города. Все участники процесса подготовки говорят о несовершенстве закона, но сам факт его принятия рассматривается как возможность для диалога. Однако, самый острый вопрос - о строительстве башни на Охтинском мысу остается открытым.
Поддержку градозащитному движению оказывает и ЮНЕСКО. В 2009, на сессии этой организации вынесено решение, в котором открыто сказано что центр Петербурга может быть внесен в список культурного наследия в опасности. Особо в решении упоминается проект «Охта-центра». Городские власти и «Газпром» продолжают сопротивляться - осенью 2009 активистов «Живого города» задерживают на общественных слушаниях, Смольный согласует проект строительства башни, подразумевающий, что высота башни составит 403 метра. В условиях назревающего международного скандала, министр культуры Авдеев, представители Государственной Думы и Общественной Палаты разными способами дают понять городской администрации, что проект в его нынешнем виде крайне нежелателен.

В 2010 кинорежиссер Александр Сокуров публично обращается к Валентине Матвиенко с призывом «выйти из окопов и начать переговоры с общественностью». Через его посредничество, а затем и участие, начинаются активные переговоры между администрацией города и градозащитниками. Создается постоянно действующая группа при губернаторе, получающая неофициальное название «группа Сокурова» в которую входят лидеры градозащитного движения. среди нах председатель петербургского отделения партии «Яблоко» Максим Резник, директор Центра экспертиз ЭКОМ Александр Карпов, заместитель председателя петербургского ВООПИиК Александр Кононов, и координатор «Живого города» Юлия Минутина.

В ноябре 2010 Юлии Минутиной предлагают занять пость заместителя председателя городского Комитета по охране памятников (КГИОП), однако, по формальным причинам, это назначение не состоялось. А 9 декабря Валентина Матвиенко публично объявила о том, что строительства небоскреба на Охтинском мысу не будет и проект будет перенесен в другое место. В 2011 Валентина Матвиенко уходит в отставку с поста губернатора Петербурга, считается, что одной из причин этой отставки стал и конфликт вокруг «Охта-центра».

В 2013, уже при новом губернаторе Петербурга Георгии Полтавченко, создается Совет по сохранению и развитию исторического центра Петербурга, в который, кроме чиновников, так же входят представители экспертного сообщества и градозащитных организаций. В 2014 здание, построенное на месте снесенных исторических домов на углу Невского проспекта и улицы Восстания, официально признано градостроительной ошибкой, как и еще более 70 домов, построенных за первое десятилетие XXI века. В 2014 в Законодательном собрании был подготовлен и направлен в Государственную Думу проект закона о сохранении исторического центра Петербурга, но был отклонен.

Деятельность «Живого Города» постепенно начинает затихать - самые острые вопросы сняты, градозащитное движение возвращается из стадии активистской в стадию экспертной работы. Но продолжают действовать локальные инициативные группы, защищающие отельные исторические памятники, при поддержке созданной «Коалиции в защиту Петербурга», в которую входят градозащитники и городские политики. Еще одним результатом этого периода становится расцвет городского краеведческого и экскурсионного движения и общего интереса к истории города. Городское отделение ВООПИиК создает и реализует программу «Открытый город»,  появляется множество независимых краеведческитх центров, инициативные группы начинают занимаеться изучением истории своих домов, их реставрацией и популяризацией.

А в 2018 в северой части города на берегу Финского залива в районе Лахта завершается строительство небоскреба «Лахта-центр», высота центральной башни которого составляет 462 метра.